El mismo fenómeno sucedió en más de 222 secciones electorales. Sobre todo para la elección de Gobernador.  Claudia Delgadillo abanderada de Morena a la gubernatura de Jalisco y Mario Delgado, dirigente nacional del partido, denunciaron una serie de irregularidades cometidas por el Gobernador Enrique Alfaro con el objetivo de garantizar el triunfo de Pablo Lemus.

Claudia Delgadillo González, afirmó que el actual Gobernador Enrique Alfaro Ramírez "metió la mano" en la elección para favorecer al abanderado de su partido, Jesús Pablo Lemus Navarro. Y esto se suma a las numerosas irregularidades denunciadas por los mismos jaliscienses de que se cometió un fraude electoral en esa entidad
Ante esta situación la misma  Claudia Delgadillo y Mario Delgado, dirigente nacional de Morena, denunciaron la intervención directa de Enrique Alfaro en la elección y exigieron tanto al Instituto Nacional Electoral (INE), como al Instituto Electoral de Jalisco (IEPC) el recuento de todos los votos.
"No han tenido ningún pudor en mentirle a todo un país diciendo que Pablo Lemus ganó cuando nosotros en las pocas casillas que hemos tenido recuentos hemos sacado muy buen votación. Si logramos abrir todas las casillas, voto por voto, les vamos a ganar con muchísimos puntos. Es lamentable que el Gobernador esté metiendo la mano, yo de repente creí que no existía lo que estoy viviendo el día de hoy, pero estoy lista, yo no les tengo miedo", ahondó Claudia Delgadillo.
De acuerdo con los resultados del Programa de Resultados Electorales Preliminares (PREP), el emecista Pablo Lemus ganó con 41.89 por ciento de los votos contra 38.09 por ciento que obtuvo la morenista Claudia Delgadillo. La dirigencia de Morena ha cuestionado los resultados en esta entidad y ha pedido que sea removida de su cargo la Consejera presidente del Instituto Electoral de Jalisco, Paula Ramírez Höhne, identificada como cercana al grupo del exconsejero Lorenzo Córdova Vianello.
Movimiento Ciudadano enfrenta en Jalisco señalamientos de haber permitido una serie de irregularidades para beneficiar a su candidato Pablo Lemus. Morena acusó que hubo fallas en el PREP, que el Conteo Rápido se realizó con una muestra menor a la establecida y sobre todo que el supuesto triunfo del candidato naranja no concuerda con el resto de los números que arrojan las cifras oficiales.
Pablo Lemus aseguró luego del cierre de las casillas que tenía una ventaja de por lo menos 20 puntos sobre Claudia Delgadillo, quien por su parte argumentó que había ganado la contienda con una ventaja de por lo menos 16 por ciento. En las primeras horas de la madrugada del lunes 3 de junio del 2024, el Instituto Electoral y de Participación Ciudadana de Jalisco dio a conocer un muy tardío conteo rápido que atribuía a Lemus Navarro una victoria con un rango de entre el 42.5 y el 45.1 por ciento de los votos, contra el 36.4 y el 39.4 por ciento de Delgadillo González.
Luego que se dio a conocer el conteo rápido, Claudia Delgadillo emitió un comunicado en el que desconoció los resultados al explicar que el conteo rápido debe realizarse con una muestra de 500 casillas. Sin embargo, el Instituto Electoral sólo consideró 347 actas, lo que llevó a la presidenta del instituto a declarar vencedor al candidato de Movimiento Ciudadano. Ha cuestionado la decisión del Gobernador Alfaro de declarar el triunfo por la gubernatura para Lemus Navarro, sin que él sea una autoridad competente en la materia. De igual forma, el partido naranja no ganó ninguna diputación federal ni senaduría. A nivel local sólo triunfó en 4 de 20 distritos, con lo cual no tendrá una mayoría en el Congreso local. A lo largo del estado, además, sólo ganó en 36 de 124 municipios.
 "Hay una resistencia absoluta en el conteo distrital a que se abran las urnas, porque te puedo asegurar que casilla que se abre, casilla que encuentran votos para Claudia Delgadillo. Tenemos el Distrito 5 concluido y resulta que tenemos ahí una buena cantidad de votos más, tenemos 38 mil votos más en favor de Claudia Delgadillo. En el distrito 7 recuperamos 16 mil votos. Queremos que haya un recuento transparente de todos los votos porque sabemos que va a ganar Claudia Delgadillo".
Y agregó: "Se ganaron 15 de 20 distritos federales ¿Sabes cuantos distritos ganó Movimiento Ciudadano? Ninguno. Movimiento Ciudadano se fue a tercer lugar, ni siquiera la primera minoría tienen. Tenemos la mayoría en el Congreso local, se ganaron 13 distritos de 20, tenemos más de la mitad de las presidencia municipales y dicen que ganaron la gubernatura".
La prensa ha informado que por errores e inconsistencias en las actas, se volverán a contabilizar los votos de por lo menos 14 mil 777 paquetes electorales, de estos 4 mil 998 corresponden a la elección de gubernatura. En ese sentido, Mario Delgado, expuso cómo la autoridad ha perdido votos que ellos han encontrado hasta en la basura.
"Algo huele muy mal en Jalisco. Desde el domingo empezamos a ver un comportamiento muy extraño en Jalisco. Mi encuesta de salida me daba un triunfo clarísimo para Claudia Delgadillo, por eso yo salí a decir que íbamos a ganar todas las gubernaturas […] Empiezas a armar un rompecabezas, hay boletas faltantes, hay boletas que se quieren robar y todas marcadas por Morena. Nosotros vamos a exigir más que se cuenten todos los votos y que aparezcan todos lo votos".
Finalmente, el dirigente nacional de Morena rechazó la hipótesis de la presidenta del IEPC, Paula Ramírez Höhne, quien en una entrevista radiofónica dijo que era probable que las personas solo habrían votado por los cargos de la vía federal y no por los de la vía local.
Como si los ciudadanos no supieran votar…